в каком каталоге лучше хранить скрипты?

Кэп, Вы? ) Если запускать их именно из-под пользователя zimbra, то логично размещать в отдельном каталоге где-нибудь в /opt, рядом с основным инсталом. Если запускать из-под root, а уже в самих скриптах менять пользователя на zimbra, то там же, где привычно хранить все скрипты для планового техобслуживания.